菌株又稱品系，表示任何由一個獨立分離的單細胞（或單個病毒粒子）繁殖而成的純種群體及其后代。因此，一種微生物的每一個不同來源的純培養物均可稱為該菌種的一個菌株。根據菌株的定義，菌株實際上是某一微生物達到“遺傳性純”的標志，一旦菌株發生變異，均應標上新的菌株名稱。當進行菌種保藏、篩選或科學研究時，在進行學術交流或發表論文時，在利用菌種進行生產時，都必須同時標明該菌種及菌株名稱。 1、新引進的菌種經形態、染色、培養性狀、生化特性等的鑒別確定后作記錄，并進行保存。
2、長期保存的儲存菌株以冷凍干燥保藏為主，特殊要求的菌種可用其它方法進行保存，保存期可長達幾年至幾十年。
3、半儲存菌株以含20%甘油的肉湯或液體石臘封存的半固體瓊脂為主，在0℃以下保存，保存期為3－6個月。
4、應用菌株以瓊脂斜面為主，在4℃保存，保存期為1－3個月。
5、菌種的傳代不可超過6次。視菌種的特性及使用情況，一般儲存菌株每5年傳記代一次，每1-2年從儲存菌株轉接至半儲存菌株，半儲存菌株每3-6個月傳代一次，每1-3個月從半儲存菌株轉接接至應用菌株。
6、每次檢驗用的菌株必須是從應用菌株轉接的新鮮菌株。每支應用菌株用兩次后必須銷毀（121℃，0.1MPa高壓**處理15分鐘以上）。
7、各級保存的菌株應有明確的編號、名稱、傳代數、日期等到標識。
8、菌種的收發、保存、使用、傳代等應及時認真詳細地登記，以備查核。
9、在保存過程中，如發生污染退化等問題，應及時報告，以便處理。
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